FCEUX est la renaissance de FCE Ultra, qui était un compromis pour une émulation stable, performante ainsi que légère en ressources, et qui était également compatible avec le frontend Linux Gnome Video Arcade. Maintenant FCEUX regroupe plusieurs projets comme FCE Ultra, FCEU rerecording, FCEUXD, FCEUXDSP, et FCEU-mm. Il dispose ainsi d’options d’enregistrement de parties sous forme de films. Il bénéficie des mappers modifiés de FCEU-mm pour être compatibles avec le plus de jeux possibles.

Il est aussi distribué avec l’interface graphique GFCE UltraX.